在一场人类的浩劫之中，兰顿（三瓶由布子配音）的父亲牺牲了自己，拯救了地球，被称为英雄永久的记入了史册。失去父亲后，兰顿一直和身为机械工程师的祖父相依为命。日复一日的寻常生活让兰顿感到十分压抑，只有一件事情能够激起他的兴趣，那就是在青年之中十分流行的“滑空”运动。兰顿十分仰慕滑空天才霍兰德（藤原启治配音），一直希望能够加入他的组织“月光洲”。某日，一位名叫优莱卡（名冢佳织配音）的神秘女孩驾驶着一架故障的LOF从天而降落到了兰顿的家中，随后，军队赶到，似乎在对优莱卡进行追捕。兰顿凭借着自己的勇气和实力战胜了军队，并因此而获得了加入月光洲的机会，少年平凡的命运就此改变。

曾经，小林三平（喜多村英梨配音）和一位少女有着一个浪漫的约定，一晃眼十年过去，虽然两人此刻早已天各一方，但小林从未忘记过这段美好的回忆，并且时刻希望能够再度获得这位少女的音信。某个平平无奇的早晨，当小林睁开眼睛时，却发现一个红衣绿发的机器人出现在自己的身边，机器人名叫可美克（斋藤千和配音），它此番前来寻找小林，竟然是为了和他结婚。就这样，小林在莫名其妙之中开始了和可美克的同居生活，与此同时，陪伴在小林身边的还有他的青梅竹马牧原泉（高桥美佳子配音）、电波少女早川美咲（钉宫理惠配音）和搜查官黑崎凉子（白石凉子配音）。

本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/staynight》，是该游戏的Heaven’sFeel路线，简称“HF”或“樱线”，是该系列作品动画剧场版全三部作品中的最终章。在剧场版作品第二章黑化之后的樱吸收了众多Servant的灵魂后，被世间所有的恶控制，成为黑色圣杯的化身。最终，得知一切的士郎放弃了成为正义的伙伴，选择了保护樱...

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(RentonThurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井敏夫一同生活，现正在GenerationBlue（蓝色世代）中。女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（IntelligentFlyingObject）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

　“即使如此人们还是不得不扪心自问、仔细斟酌……”　　尖端岛是一个被油泥海包围着的小岛。　　小岛因70年前发生的战争而被“南大陆自由圈”接管，アキユキ（男）与母亲一起在小岛上生活。　　父亲经营着一间小诊所，过着与母子两人的分居生活。　　某日，アキユキ与好友ハル以及フルイチ在上学的途中被卷入了一起爆炸事件。　　爆炸中，アキユキ的手臂遭到了爆炸物射出的神秘光线的照射，变身成了名为“ザムド（Xam'd）”的怪物。　　就在此时，名为ナキアミ的红发异国少女出现在因丧失自我而四处暴走中的Xam'd面前……　　阻止Xam'd的暴走后，ナキアミ将アキユキ带上了国际邮船ザンバニ号。　　アキユキ为了今后能够控制Xam'd的力量并回到尖端岛，与ザンバニ号上结识的伙伴们一起开始了环游世界的旅行。