异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中……救了他俩的是艾斯·奥特曼。艾斯把自己的生命溶入了二人的体中。

熙攘闹市街头突然发生爆炸，现场一片混乱，三名死者中的主妇千寻（石田百合子 饰）则是警视厅公安部特务第一课警部仓木尚武（西岛秀俊 饰）的妻子。由于涉嫌恐怖组织袭击，警视厅方面安排公安和搜查一课共同组建搜查本部，然而仓木却被排除在外。案发后搜查一课警部补大杉良太（香川照之 饰）与仓木有过一面之缘，他辗转找到曾在现场露面的公安部公安二课巡查部长明星美希（真木阳子 饰）试图弄清事件背后的真相。与此同时，仓木也独自展开调查，并从美希那里得到重要情报。远离喧嚣的另一头，被称作杀手的新谷和彦（池松壮亮 饰）被人推下悬崖，侥幸逃生的他记忆丧失，而他似乎正是爆炸事件的关键人物。扑朔迷离的案情，被刻意隐瞒的真相与事实，争分夺秒的战争已全面展开……本片根据逢坂刚的原作改编。